Dans le cadre de l’Entente de coopération intergouvernementale, la Direction régionale de la Montérégie du Ministère de l’Environnement, en collaboration avec le Ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation du Québec, ainsi que le Ministère des Régions, fondaient en février 1999 la Corporation Bassin Versant Baie Missisquoi (CBVBM). À l’époque, la CBVBM est une table de concertation élargie qui regroupe des intervenants des milieux municipal, agricole, environnemental, économique et touristique dont le mandat est la concertation et la coordination des actions du milieu pour améliorer la qualité des eaux du bassin versant de la baie Missisquoi.

La Corporation Bassin Versant Baie Missisquoi est rapidement devenue un point de rencontre pour toutes les personnes et les groupes intéressés par la santé de la baie et de son bassin versant. En 2002, la CBVBM a été reconnue officiellement comme étant un organisme de bassin versant prioritaire dans la Politique nationale de l’eau du Québec.

En 2009, la Corporation a modifié son nom pour Organisme de Bassin Versant de la Baie Missisquoi (OBVBM) à la suite du redécoupage effectué par le Ministère de l’Environnement pour l’ensemble des 40 organismes de bassins versants au Québec. L’Organisme de Bassin Versant de la Baie Missisquoi est un des 40 OBV reconnus par le gouvernement du Québec. L’OBVBM est constitué en personne morale en vertu de la partie III de la Loi sur les compagnies et son financement provient en majeure partie du gouvernement du Québec.