La qualité de l’eau de surface dépend directement des usages de l’eau et du sol. Les plus récentes données collectées aux 11 stations québécoises du Réseau-rivières situées sur le territoire du bassin versant indiquent que les concentrations de phosphore, azote, coliformes fécaux, matières en suspension (MES) et certains autres contaminants demeurent élevées, notamment dans les cours d’eau en milieu agricole.

La qualité de l’eau de surface est plus mauvaise dans la portion ouest du territoire, là où se concentrent les activités agricoles. La portion est du bassin versant est caractérisée par une qualité de l’eau généralement bonne, bien que la pression due aux développements résidentiels s’accentue dans ce secteur.

Comme l’eau de surface du bassin versant de la baie Missisquoi est transfrontalière, sa qualité fait l’objet d’une entente de coopération entre le gouvernement du Québec et l’état du Vermont concernant la réduction du phosphore dans la baie Missisquoi. Une eau de surface dégradée peut engendrer des problèmes d’approvisionnement susceptibles de causer bien des maux de tête aux usagers et municipalités concernées.